Der Dialog zwischen Kunst und Natur bestimmt die Sammlungspräsentation und das Ausstellungsprogramm des Franz Marc Museums. Die Frage nach der Bedeutung der oberbayerischen Voralpenlandschaft als Inspirationsquelle der Künstler des Blauen Reiters war Ausgangspunkt für die Gründung des Museums 1986 in Kochel am See und für seine Erweiterung durch einen Neubau 2008. Der Museumsstandort mit Blick auf den See und die Bergkulisse im Hintergrund lässt die Werke des deutschen Expressionismus in neuem Licht erscheinen.

Die Kunst Franz Marcs als Namensgeber des Museums steht im Mittelpunkt, ohne zentrales oder ausschließliches Thema des Museums zu sein. Franz Marc hat die wichtigsten Jahre seiner künstlerischen Entwicklung in Sindelsdorf und Kochel verbracht. Gleichzeitig stand er in regem Austausch mit der internationalen Avantgarde seiner Zeit. Sein Werk und sein Denken waren auf die zukünftige Entwicklung und Wirkung der Kunst gerichtet. Deshalb stellt das Museum Franz Marcs Kunst in den Kontext des 20. Jahrhunderts. Die Ausstellungen suchen neue, ungewohnte Perspektiven, manchmal auch Nebenwege im Blick auf die Epoche.