Das Kunstmuseum Thun präsentiert in jährlich vier bis fünf Wechselausstellungen vorwiegend zeitgenössische Kunst. Neben thematisch und monografisch ausgerichteten Sonderausstellungen wird pro Jahr eine Sammlungsausstellung eingerichtet, die einen Teil der reichen Bestände unter einem besonderen Blickwinkel präsentiert. Die Kunstvermittlung hat im Museum ihren festen Platz: Generationenübergreifend unterstützt sie ein breites Angebot bei der Entzifferung der Sprache der Kunst und lässt Raum für eigene Deutungen.
»Man müsse jetzt den Mut haben, etwas Ganzes und Endgültiges zu schaffen«, schrieb 1946 der Thuner Künstler Alfred Glaus (1890–1971) an den Thuner Gemeinderat und plädierte damit für die Gründung eines Kunstmuseums. Thun besass damals bereits eine kleine Kunstsammlung, welche aber nicht der Öffentlichkeit zugänglich war. Die Betrachtung von Kunstwerken, so Glaus, habe einen befruchtenden Einfluss auf die geistige Haltung der Bevölkerung. Glaus’ Einsatz zeigte Wirkung: Im Herbst 1948 wurde das Museum in vier Räumen des Thunerhofs unter dem Namen Kunstsammlung der Stadt Thun eröffnet. Glaus selbst wurde zum Museumsdirektor ernannt. Zu den vier Räumen im Erdgeschoss kamen in den 1950er-Jahren weitere dazu. 2003/04 konnten die Museumsräumlichkeiten, die sich inzwischen auf über knapp 1000 Quadratmeter ausbreiteten, total saniert werden. In den Anfängen fungierte die Sammlung selbst als Museum, erst mit den Jahren wurden punktuell Ausstellungen veranstaltet. Um 1984 schliesslich wurde die Kunstsammlung in «Kunstmuseum Thun» unbenannt.
Heute zeigt das Kunstmuseum Thun vier bis fünf grosse Wechselausstellungen. Der Fokus liegt auf zeitgenössischem Kunstschaffen. Die Präsentation von aktuellen Positionen und vielfältigen, internationalen und nationalen Tendenzen haben das Museum über die Region hinaus etabliert.
Jährlich wird die Sammlung im Rahmen von thematischen Ausstellungen der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Die Sammelwerke werden stets neu arrangiert und wiederentdeckt: Es findet ein Dialog zwischen der Kunst der Vergangenheit und der Kunst der Gegenwart statt. Zeitgenössische Arbeiten werden auf ihre historischen Wurzeln hin untersucht.
Ein weiteres Fenster bietet der Projektraum enter. Darin werden neben den Hauptausstellungen jeweils kleinere Projekte realisiert und ausgestellt. Es sind vor allem künstlerische Experimente oder Einblicke in aktuelle Forschungsansätze. Oftmals entstehen diese Projekte in Zusammenarbeit mit Universitäten oder sozialen Organisationen.
Durch ein vielfältiges Vermittlungsangebot wird die Kunst einem interessierten Publikum näher gebracht.
Im Rahmen der Ausstellungen werden beispielsweise besonders für Kinder Workshops angeboten oder Rundgänge für Erwachsene, speziell auch mit Gebärdendolmetscherinnen, entwickelt. Das Kunstmuseum ist zudem ein Ort der Auseinandersetzung und Impulsgebung: Werkgespräche, Diskussionen und Vorträge ergänzen das Ausstellungsprogramm.