Das Museum Schnütgen beherbergt eine herausragende Sammlung von Kunst des Mittelalters. Ihr Schwerpunkt ist die sakrale Kunst des Rheinlandes und der benachbarten Regionen. Das Museumsgebäude verbindet die Aura und Stille der Cäcilienkirche, einer der romanischen Kirchen von Köln, mit der Offenheit eines modernen Erweiterungsbaus.
Das Museum ermöglicht es seinen Besucherinnen und Besuchern, die Kunstwerke in ihrer spirituellen Ausstrahlung, ihrer künstlerischen Qualität und ihrer Funktion ästhetisch und emotional zu erleben und intellektuell zu verstehen. Es vermittelt die europäischen Zusammenhänge ihrer Entstehung in künstlerischer, religiöser und geschichtlicher Hinsicht.
Die inhaltliche Ausrichtung des Museums wird durch sein Team kontinuierlich weiterentwickelt. Das Museum tritt mit seinen Besucherinnen und Besuchern in einen Dialog. Die Vermittlungsarbeit richtet sich an ein Publikum aller Altersgruppen, mit oder ohne Erfahrung in der Betrachtung mittelalterlicher Kunst, mit unterschiedlichen Muttersprachen und kulturellen Prägungen. Das Museum geht aktiv auf neue mögliche Besucherinnen und Besucher zu. Auf diese Weise trägt es in der heutigen Gesellschaft zur Auseinandersetzung mit dem kulturellen Erbe bei, welches durch die Sammlung verkörpert ist.
Durch seine Zusammenarbeit mit den Freunden des Museums, aber auch mit anderen Einrichtungen und Personen bezieht das Museum deren Potentiale in seine Aktivitäten mit ein. Inhaltlich gibt es Berührungspunkte auch zu anderen Kölner Museen und zu den Kirchen der Stadt.
Sonderausstellungen widmen sich Themen, die aus der Arbeit des Museums heraus entwickelt werden. Ihr Ausgangspunkt sind sowohl Aspekte der mittelalterlichen Kunst als auch kulturell relevante Themen der heutigen Gesellschaft.
Das Museum Schnütgen ist traditionell ein Ort der Forschung und Lehre in der regionalen, nationalen und internationalen Zusammenarbeit mit anderen Museen, Universitäten und Forschungseinrichtungen. Zu den Aufgaben seiner Forschung gehört besonders die wissenschaftliche Erschließung der eigenen Sammlung.
Eine besondere Verantwortung des Museums besteht in der konservatorischen Erhaltung der ihm anvertrauten Objekte für die zukünftigen Generationen. Das schließt restauratorische Maßnahmen von höchster fachlicher Qualität mit ein. Dazu erfolgt auch auf technologischer Seite ein intensiver wissenschaftlicher Austausch mit anderen Institutionen.
Neuerwerbungen dienen dazu, die Sammlung qualitativ zu steigern und sie um neue Facetten zu erweitern.