Zum einen ist die Villa Stuck selbst ein (Gesamt)Kunstwerk, zum anderen beherbergt sie heute die größte Sammlung von Werken Franz von Stucks in öffentlichem Besitz. Das ist keine Selbstverständlichkeit, denn nach dem Tod des Künstlers 1928 durchlief das berühmte Künstlerhaus, das er nach seinen ersten großen Erfolgen im Jahr 1897/98 und 1914/15 als 34-jähriger erbaut hatte, eine höchst wechselhafte Geschichte.

Im Einzelnen vereinen sich im Museum Villa Stuck folgende Sammlungen:

Kunstwerke und Möbel aus dem Nachlass des Künstlers, die zusammen mit der Villa Stuck 1965 von Hans-Joachim und Amélie Ziersch erworben wurden.

Erwerbungen des Ehepaars Hans-Joachim und Amélie Ziersch und des Stuck-Jugendstil-Vereins (1965–1989) u.a. aus dem Bereich europäischer Jugendstil, die 1991 zusammen mit dem Künstlerhaus Villa Stuck an die Landeshauptstadt München geschenkt wurden.

Neuerwerbungen, Schenkungen und Dauerleihgaben durch das Museum Villa Stuck seit seiner Gründung als ein Museum der Landeshauptstadt München im Jahr 1992.