Das Zentrum Paul Klee verfügt mit rund 4 000 Werken über die weltweit bedeutendste Sammlung von Gemälden, Aquarellen und Zeichnungen sowie zusätzlich über Archivalien und biografische Materialien aus allen Schaffensperioden von Paul Klee. 

Eine Hauptaufgabe des Zentrum Paul Klee besteht darin, das künstlerische, pädagogische und theoretische Werk Paul Klees sowie dessen Bedeutung im kulturellen und gesellschaftlichen Zusammenhang seiner Zeit wissenschaftlich zu erschliessen und über verschiedene Kanäle und Medien zu vermitteln.

Durch zeitgemäße Fragestellungen, neue wissenschaftliche Interpretationen und innovative Vermittlungsformen will das Zentrum Paul Klee das künstlerische Potenzial Paul Klees in die Gegenwart einbringen.

Durch seine Aktivitäten etabliert sich das Zentrum Paul Klee als weltweites Kompetenzzentrum für die Erforschung und Vermittlung von Leben und Werk Paul Klees, dessen Wirkungsgeschichte und weiterer relevanter kultureller Themen. Es unterhält eine effiziente und moderne Forschungsinfrastruktur und entwickelt differenzierte Angebote an Ausstellungs- und Vermittlungsprogrammen, die sich an wissenschaftlichen Ansprüchen wie auch an den Bedürfnissen von Besucherinnen und Besuchern unterschiedlicher Altersstufen, biografischer Voraussetzungen und kultureller Interessen orientieren.